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お世話になっております。
ディスオーダーした炭素原子に水素を(AFIX+)HFIXでおく場合には、それぞれ（仮にC1とC2）に対して別々のパート番号を与え、それぞれに水素を置けば良いというのは理解しました。
ただ、ディスオーダーの相手が自分自身、C1とC1$のような表示になるもの、については、パート番号も同じになるため、上記の方法では水素原子をおけません。このような場合の対処法がありましたら教えて頂ければ幸いです。- このような場合を SHELX で扱う場合ですが、 C1 と同一座標、同一温度因子で PART の異なるダミー原子を設定するのがよいかと思います。
例えば、 C1 と C1A としておいて、 EXYZ, EADP 命令による束縛条件で同一座標に固定してしまうようにすればよいかと思います。
２個目は占有率 0 のダミー原子とするか、ディスオーダーの組となる周辺原子と占有率を合わせるか、どちらでもよいかと思います。(0 にした場合、 HFIX で発生させた水素の占有率を修正して再度精密化する必要があります)残念ながら、現状の yadokari 上で設定する場合、同一座標の原子を区別して選択できませんので、.ins ファイルを直接編集する必要があります。
ex)
HFIX *** C1 C1A
PART 1
C1 1 xxx yyy zzz 21.0 0.05
PART 2
C1A 1 xxx yyy zzz -21.0 0.05
PART 0
EXYZ C1 C1A
EADP C1 C1A
Nemo 
2016/11/28(Mon) 19:03 - 別の例になります。
読み返してみて、こちらのほうが今回の状況に合っているかもしれないと思いまして、補足いたします。例えば、２回軸からわずかに外れてディスオーダーしている C01-C02 の結合で、 C02 を HFIX 137 でメチル基にすることを考えます。
結合表上では C02 と C01, C01_$1 の両方と結合した状態です。このままでは C02 が２原子と結合してしまっており HFIX 137 を適用できませんので、余計な結合を切り離します。
暗黙の _$1 は指定できませんので、明示的にEQIV $1 -X, Y, -Z
などとして、 $1 と特定の対称要素を結びつけます。
次に、FREE C02 C01_$1
として一方の結合だけを切り離してやります。
これで、 HFIX 137 が適用可能になります。
（各原子の占有率に十分注意して下さい）こちらの例では Yadokari のメニューから操作可能です。
Nemo 2016/11/29(Tue) 11:53
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