原子団の対称移動について

錯体などでは必須の原子団の対称移動についての質問がありました。
お答えします

原子団の対称操作移動について

Yadkr 2009では以下のような機能で行なえます。
Symmetry ExpansionあるいはPackingなどで格子の中の対称要素の原子を増やします。
原子名を表示させると入力原子以外は＊が付きます

その１：別ファイル名「*res」で保存しインポートします。
１）目的の位置に移動した構造以外の不要な原子（原子団）を削除します
２）表示された原子団全体の原子（*原子名も含む）を選択します（CTRL+A）
３）メインメニューのファイル→部分構造をファイルに保存→ファイルの種類を*resにして別名で保存します
４）メインメニューのファイル→現在のプロジェクトに構造の読込みを行なう（ファイルの種類はresでもinsでも可能です（原子名の*は消えます）
６）LSQ をかけます。

その２：選択した原子団のみを対称操作移動します。
１）メインメニューの表示→ツールバー→原子ツールバーにチェックを入れます。
２）移動したい場所の原子（ひとつでよい）を選択することにより、座標や対称操作が上のツールバーに表示されます。それを記録しておきます。
３）Symmetry ExpansionやPacking をはずし、LSQ入力原子に戻します。
４）移動したい入力原子団（対称操作x、y、z）を輪投げで選択します
５）画面での右クリックでプロパティの対称移動を選択します
すべての対称操作を表示にチェックして、記録しておいた移動したい対称操作を選択して、必要な場合は並進に数字を入れます。
６）LSQ をかけます。

 kabuto  2010/11/19(Fri) 09:38