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リガクのイメージングプレートR-AXIS-IVで測定し、f2plus.datおよびtexray.infを出発として、Yadokari-XG 2009で解析を進めております。
f2plus.datの中で、例えば
—-+—-1—-+—-2—-+—-3—-+—-4—-+—-5—-+—-6—-+—-7—-+—-8
0 1 0 0.105556E+07 528.202 0.684465E+07 0.987242 1.00000
—-+—-1—-+—-2—-+—-3—-+—-4—-+—-5—-+—-6—-+—-7—-+—-8の行は、Yadokari-XG 2009で読み込んでSample.hklを書き出すと、
—-+—-1—-+—-2—-+—-3
0 1 00.105556 528.202
—-+—-1—-+—-2—-+—-3となってしまいます。
すなわち、f2plus.dat中の回折強度がaaaaa.aという実数なら正しく読み込めるのに、a.aaaaaE+07というようなE型編集記述子の場合、E+07の部分を読み込まずに実数部のa.aaaaaの部分だけ読み込んでしまうのです。
E+07の部分を読み飛ばすことにより、10,000,000分の1という小さな値で間違った解析をしてしまうことになります。
本件、ご修正可能でしょうか。
現在、問題となっているf2plus.datがご入用でしたら、メール添付で送信いたしますので、お申し付けください。
- 状況を確認しました。
現在、手直しを進めております。週明けに改訂版を出したいと思います。
出しましたらこちらでお知らせしますので、動作確認に
ご協力下さい。
Nemo 
2010/04/07(Wed) 11:15- 早速にご対応頂きありがとうございます。
改訂版がリリースされましたら、すぐに動作確認いたします。
- 遅くなりましたが改訂版をリリースしました。
動作確認のほどよろしくお願いいたします。 Nemo 2010/04/20(Tue)- 【f2plus.dat】
—-+—-1—-+—-2—-+—-3—-+—-4—-+—-5—-+—-6—-+—-7—-+—-8
0 1 0 0.105556E+07 528.202 0.684465E+07 0.987242 1.00000
0 -1 -1 58301.6 179.367 380078. 0.948219 1.00000
0 1 2 0.274621E+07 795.470 0.168454E+08 1.01001 1.00000
0 1 3 476937. 347.569 0.281004E+07 0.955595 1.00000
—-+—-1—-+—-2—-+—-3—-+—-4—-+—-5—-+—-6—-+—-7—-+—-8をYadokari-XG 2009で読み込んでsample.hklを作成した場合、
Rev. 561では
—-+—-1—-+—-2—-+—-3
0 1 00.105556 528.202
0 -1 -1 58301.6 179.367
0 1 20.274621 795.470
0 1 3 476937. 347.569
—-+—-1—-+—-2—-+—-3
となっていたのに対して、最新版のRev. 588では、
—-+—-1—-+—-2—-+—-3
0 1 01069200. 535.03
0 -1 -161485.37 189.16
0 1 22718992. 787.59
0 1 3499099.5 363.72
—-+—-1—-+—-2—-+—-3
となっていることを確認いたしました。即ち、Rev. 561とRev. 588では、f2plus.datの読み込みに関して、2点の違いがあります。
一つは、F2plus.datのF2がE型編集記述子で記載されていた場合、Rev. 561ではその実数部のみしか読むことができず、指数部を読み飛ばしていたのに対して、Rev. 588では実数部も指数部も読みとれるようになったことです。
もう一つは、Rev. 561ではf2plus.datのF2とsigF2をそのまま読みとってsample.hklに書き出していたのに対して、Rev. 588では、F2plus.datの右端カラムに記述されている吸収補正因子(ABSF, correction factor)を読み込み、F2をABSFで割った値、sigF2をABSFで割った値をそれぞれsample.hklに書き出していることです。
リガクのCrystalClearが行っている吸収補正が、Yadokari-XG 2009の反射ファイル(sample.hkl)に反映されるようになったということで間違いないでしょうか。
CIFの
_exptl_absorpt_correction_T_min
と
_exptl_absorpt_correction_T_max
の書き方について、
_exptl_absorpt_correction_T_maxはSHELXLの計算値をそのまま採用し、
_exptl_absorpt_correction_T_minには、SHELXLで出力される計算値に、リガクのtexray.infの/AGNOST ABSAV=1.0037,ABSMIN=0.9446,ABSMAX=1.0954,ABSLS=1.0,
に書かれているABSMIN/ABSMAXの値を掛けた値を記載するべきでしょうか。
お分かりでしたらご教示いただければ助かります。
- 修正内容としましては、書き出し時に桁あふれで切り捨てられていた指数部につきまして、桁が溢れる場合には全体をスケーリングするように修正いたしました。
また、強度ファイルが Rigaku 形式かどうかの判定を見直しております。Rigaku 形式の場合に吸収補正項を適用するかどうかは選択できるように修正する予定です。
ただし、通常は Rigaku のソフト側で SHELX 形式ファイルを生成させておいて、 Yadokari 側ではそれを読み込むだけというのが無難な使い方だと思います。CIF の記入ですが、Rigaku 形式の場合、吸収補正データに SHELXL の計算値は使用しないで下さい。
吸収補正を行う場合には、SHELXL の T_min/Tmax の値を使用せず、texray.inf の値をそのまま使用してください。 Nemo 2010/04/22(Thu) 15:47- 改訂していただいたYadokari-XG 2009で無事に解析を終了し、Acta Crystallographica Section EにCIFを投稿、無事に受理されウェブ上で公開されました(open access)。
【Acta Crystallographica (2010). E66, m749】
http://dx.doi.org/10.1107/S1600536810020659” target=”_blank”>http://dx.doi.org/10.1107/S1600536810020659今回の件ではご対応いただきありがとうございました。
今後とも、よろしくお願いいたします。
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