確認有り難うございます。
再現性がないという事で、自分のデータを再度確認してみましたが、申し訳ありませんが当方でも再現性がありませんでした。同一データでも再現性があったりなかったりではっきりした事がいえません。
今のところ、”選択した原子を並べる”→”原子名の一括修正”で右下の欄で原子の並びをチェックして、水素が一番下になっている場合には”適用”せずに”閉じる”を押して、再度並べ直すということでトラブルに対しては対処できそうです。
原因がはっきりしませんので、今のところはBugFix保留ということでよろしいかと思います。もし再現性のあるデータがありましたら、再度連絡をさしあげたいと思います。
Hamachi 
2014/07/11(Fri) 16:48