- このトピックには4件の返信、1人の参加者があり、最後に管理者により2022年8月13日 at 2:43 PMに更新されました。
- 投稿
バージョンアップしたYadokari-XGを使わせていただいております。Sir-2011とShelx32に対応したのが大変ありがたいです。特にshelx32はマルチコアに対応しているので最小二乗が早くなってありがたいです。
少し触ってみた感じでは、原子の並び順変更の挙動が以前のバージョン(私が使っていたのはydkr2009-835)と変わっているようです。
以下に行ったことを示します。前提
“選択済み原子のクリックで原子選択解除”と”PARTを考慮する”と”水素の番号は通し番号”にチェックを入れている。
構造はすべて解けており、非水素原子は異方性にし、水素原子も計算あるいはD合成で置いている実際の操作
非水素原子だけを希望の並べたい順番に選択し、”選択した原子を並べる”→”原子名の一括修正”→”適用”→”閉じる”の順番にボタンを押す結果
この操作の後に最小二乗を行うと、以前のバージョンだと問題なくできたのが、Revision 953では以下のようなエラーが出て最小二乗が実行できなくなる。
** MISSING AFIX 0 (OR OTHER AFIX) BEFORE ATOM H4 **推定される原因
アセチレンH-C-C-Hの原子名を以下のように決めたとします。
H(1)-C(1)-C(2)-H(2)このとき、insファイル上ではこのような表記になっていると思います。
C1 ……
AFIX 163
H1 …
AFIX 0
C2 ……
AFIX 163
H2 …
AFIX 0ここで、並び順を上記の手段で変更した場合、insファイル上では
C1 ……
C2 ……
AFIX 163
H1 …
H2 …
AFIX 0と、水素原子が最後にまとめられてしまうので計算で水素が付加できないようです。
順番を並べる際に水素も入れて順番をつければ問題ないのでしょうが、大きい分子ですと原子数が増えるのでできれば避けたいところです。
もし、バージョンアップでやり方が変更になったのであれば、適切な手法を教授していただければ幸いです。
Hamachi 
2014/07/04(Fri) 18:48- 症状はわかりましたが、手元でうまく再現できず、原因がまだわかりません。
基本的にこのあたりは Yadokari2009 とは変えていないのですが、特定の条件で誤動作があるのだと思います。
当面の対処法ですが、オーダー編集画面（右側）で「選択した原子を並べる」後の並び順をチェックしていただくのがよいかと思います。もし誤動作しましたら、この一覧画面上で原子名（この場合でしたら H1)を左クリックして選択状態にし、drag and drop で C1 の下の原子に重ねていただければ修正されるかと思います。原因が分かり次第修正させていただきますが、少々時間がかかりそうですのでご了解下さい。
Nemo 2014/07/09(Wed) 20:50- 確認有り難うございます。
再現性がないという事で、自分のデータを再度確認してみましたが、申し訳ありませんが当方でも再現性がありませんでした。同一データでも再現性があったりなかったりではっきりした事がいえません。
今のところ、”選択した原子を並べる”→”原子名の一括修正”で右下の欄で原子の並びをチェックして、水素が一番下になっている場合には”適用”せずに”閉じる”を押して、再度並べ直すということでトラブルに対しては対処できそうです。
原因がはっきりしませんので、今のところはBugFix保留ということでよろしいかと思います。もし再現性のあるデータがありましたら、再度連絡をさしあげたいと思います。
Hamachi 2014/07/11(Fri) 16:48- Rev. 955 で、並び順編集画面の安定性を向上させる修正を入れました。
この修正でうまく直っているとよいのですが、他の問題が残っているかもしれません。 Nemo 2014/07/11(Fri) 18:38- 修正有り難うございます。再現性のあるデータがありましたら報告します。 Hamachi 2014/07/12(Sat) 15:26
- フォーラム「旧掲示板アーカイブ」には新規投稿および返信を追加できません。