問題は解決しました。
原因は返答の2.のところに記入させていただいたことであると思われます。
念のため、すべてのご質問には回答させていただきました。
1. 致命的なエラーというのはどのような症状でしょうか。Yadokari が突然終了してしまうようなものでしょうか、それとも計算がおかしい、あるいは shelx でエラーが出るという方面でしょうか？
・shelxでエラーが出ます。エラーのひとつの例として、
CONFLICTIONG AFIX BEFORE END OF FITTED GROUP が出ます。
・また、水素付加した炭素が消え、別の炭素上に水素ではなく炭素が発生する場合もあります。
2. 水素原子の付加はどのメニューから行われていますでしょうか?
・これまで水素原子付加の際に、直接対応する数字を入力してAFIXの
コマンドを使用していました。今まではこの操作で出来ていたのですが、
更新されてからは、水素原子を結合させる炭素の前にAFIX XXとなって
います。これが原因であると思われます。
以前は機能していた更新前の操作（直接数字入力）を行った場合、
当然ながら.insファイルがこちらの意図した通りには作成されません。
また、水素原子の付加を
原子->水素原子の付加->HFIX xx と正しく行えば、正しく動作する
ことが分かりました。右クリックから選択した場合も同様です。
3. AFIX の消去に関して、手順はどのようにされていますか？
通常想定している手順は a) 解除したい原子を選択 b) 原子メニュー – Rigid Group – 解除 または 右クリック – Rigid Group – 解除 です。”その他 AFIX (試作中)” 画面はまだ不具合があるかもしれません。
・先ほどの直接数字を入力する操作で付加されたAFIXがHFIX消去で消せていなかっただけのようです。私の認識が間違っていただけです。
4. 最近（更新後) に生じた問題でしょうか？
・そのようです。
5. 正常に更新されていますでしょうか？ 起動画面下部の Revision 番号は更新した番号と一致していますでしょうか？
・更新はされております。一度削除した後に、再インストールしておりますし、番号の確認も行っております。
お騒がせいたしまして、申し訳ございません。
ありがとうございました。
Kuro 
2009/11/30(Mon)